Sheeta é descendente de um clã antigo, há um “Laputa” em seu sobrenome, e portadora de uma pedra misteriosa que possui vários poderes, inclusive o de mostrar a direção de Laputa, um castelo voador abarrotado de ouro e detentor de uma tecnologia muito avançada. Sheeta é perseguida por várias pessoas que almejam a pedra, incluindo um clã de piratas e o próprio exército. Numa das fugas, ela cai de um avião, mas é salva pelo poder da pedra, que a faz flutuar antes de cair em uma cidade mineradora. É assim que Pazu se encontra com Sheeta, e, ao saber que ela está sendo perseguida, resolve ajudá-la a sair da cidade. No entanto, o pai de Pazu foi um aviador que viu Laputa, mas ninguém acreditou em sua história, e o filho deseja mais do que tudo provar a todos que o castelo voador existe. Então, ele resolve seguir sua jornada com Sheeta para encontrar Laputa.

A relação do casal é muito bem trabalhada, assemelhando-se ao típico romance infantil e inocente que se traduz numa forte amizade capaz de resolver diversos momentos de complicações da trama. Apesar desses personagens criarem uma atmosfera mais delicada, há um clima mais maduro e político envolvendo o desejo do exército em se apossar de Laputa, trazendo à história alguns momentos de crítica ao desejo do homem por poder. O filme possui seus momentos altos e baixos, cenas emocionantes ou prolongadas em demasia, mas, quando os personagens, enfim, chegam à Laputa, a história inicia um ritmo mais eletrizante, uma vez que cada personagem possui objetivos próprios em relação à cidade voadora. Assim como em Nausicaä, Miyazaki não deixa de fora sua mensagem ecológica: Laputa era uma civilização super inteligente, mas, misteriosamente, foi abandonada e tomada pela natureza, e tudo o que resta são alguns robôs zelando o lugar.

É interessante notar que o símbolo de Laputa é semelhante ao emblema da roupa da protagonista de Nausicaä e o Vale do Vento, e o animal dourado que parece um esquilo, que está sempre acompanhando Nausicaä, aparece nos jardins do castelo, o que demonstra uma estranha relação entre os dois longas.